Banes perteneció en los inicios de la colonia a la municipalidad de San Salvador de Bayamo, posteriormente al constituirse la municipalidad de Holguín se integró a este como parte de la capitanía pedánea de Bariay. Patriotas banenses también se rebelaron contra el yugo colonial español durante las guerras de independencia, por ejemplo el grupo de mambises que se alzaron en pie de lucha el 5 de mayo de 1895 en la zona de Pozo Blanco, teniendo combate dirigido por el General Calixto García.
Por las costas se produjeron importantes expediciones. En 1898 como acto de rebeldía fue tomado y quemado el poblado de cabecera por las tropas del General Máximo Gómez constituyendo una de las primeras muestras de rebeldía y patriotismo. Banes se constituyó como municipio el 10 de enero de 1910, pero ya desde los primeros años del siglo se había producido la penetración de la compañía yanqui United Fruit Sugar Company la que se había apoderado de las mejores tierras y construido un central azucarero que lo nombró “Boston” como parte de la norte americanización del territorio, este comenzó a construirse en 1899 y su primera zafra la realizó en 1901.
En 1903 se produjo una huelga de los obreros portuarios de la “Unidad”, siendo la primera manifestación antimperialista en el territorio. A partir de entonces se fue desarrollando un aguerrido movimiento obrero, con una alta conciencia antimperialista. En 1920 se unen los diferentes sindicatos existentes y crean la Unión Obrera Banense, en 1925 visitó a Banes, Julio Antonio Mella para conocer y apoyar la luchas obreras, habló en un mitin convocado por la Unión Obrera, organizó una sección de la Unidad Popular “José Martí” y dejó creadas las condiciones para que en 1930 se constituyera el Partido Comunista.
En el año 1933 los obreros del central Boston y sus plantaciones participaron en la Huelga General contra Machado, la misma se denominó en Banes, “Huelga de las Estacas”, por ser estas las armas empleadas para apresar al administrador del Central y presentar un pliego de demandas. En Banes también existió un gran apoyo e incorporación al M-26-7, Frank País, Elda Soler y Enma Rosa Chuy visitaron el municipio. Se introdujo La historia me absolverá, hubo venta de bonos, recaudación de armas y envío de combatientes hacia la Sierra Maestra. El 27 de octubre de 1958 llegó a la zona la Columna #16 ” Enrique Hart Dávalos”, del II Frente Oriental para operar en el territorio.
El 31 de octubre de ese año se efectuó el combate de Yaguajay, los días 13 y 14 de noviembre, otros en la zona de Los Berros y el 29 de dicho mes en la localidad de Retrete. El día 2 de enero de 1959 la Columna Rebelde entró en la ciudad de Banes, apoderándose del cuartel sin recibir ninguna resistencia.
En 1963 se creó la región de Banes constituida por los municipios Samá, Los Ángeles, Banes, Antilla, Deleyte y Tacajó, estructura territorial que perdura hasta 1976, cuando la ley 1304 ratifica con la nueva división político administrativa el municipio de Banes cuyo límites se encuentran en la mayor parte de la antigua región, a excepción de Antilla que se constituye como municipio independiente y Tacajó que se incorpora al municipio de Báguanos.
Entre los principales asentamientos están Los Angeles, Deleyte, Macabí, Guardalavaca, Retrete], Cortadera, Los Pinos, Mulas, Cañadón, Río Seco y Flores. El nombre de Banes proviene del vocablo Baní que denominaba al cacicazgo indígena que abarca totalmente el actual territorio y fundamentalmente los que son hoy las zonas de Puerto Rico, Mulas, Río Seco, Samá, Yaguajay y Banes. El 17 de enero se celebra anualmente el aniversario de fundada la ciudad que ya se encuentra próxima a los 96 años.