Las elevaciones del municipio existen muy pocas piedra y rocas desnudas. Los ríos más sobresalientes de la región son: río Seco y el Jagüeyes, los cuales vierten sus aguas directamente en el océano Atlántico. En la bahía de Banes desembocan los ríos Tasajeras, Santa Justa, Cortaderas, Cacao y Banes.
Este último tiene su nacimiento en la falda meridional de las lomas de Mulas y desemboca al Norte de bahía de Banes. La mayoría de los suelos pertenecen a los tipos genéricos, calizos y gley tropical; aunque en extensiones más limitadas existen suelos de otras clases como latosotes típicos, aluviales, arcillosos, etc. Los suelos calizos son los que predominan en las tierras que forman el cabo Lucrecia hasta la parte septentrional de la Bahía de Banes, la mayor parte se caracterizan por ser del grupo pardos rojos derivados de rocas calizas netas; teniendo un pH elevado, que en ocasiones llega a ser hasta neutro (7). Este tipo de suelo es muy fértil, no posee perdigones en el perfil, sirve para cualquier cultivo, en él se da muy bien la caña de azúcar.
También se distinguen algunos cayos de otras clases de suelos como: latosotes típicos, sueles rojos que se derivan de rocas calizas con concreciones de hierro, también muy fértiles y buenos para cualquier cultivo; además de suelos arcillosos, que generalmente tienen contenido calcáreo y que poseen un pH más básico, por lo que su fertilidad es relativa y depende de la efectividad del drenaje.
La parte sur de Banes pertenece al tipo gley tropical (Tipo Alto Cedro según calificador de Bennet y Allison), el cual se caracteriza por su mal drenaje pues las aguas se acumulan en las partes bajas, impedida de filtrarse por una película de arcilla compacta y se agrietan en períodos de sequía. Otro tipo son los cenagosos que se encuentran en la costa de la bahía de Banes.